Новосибирские биоинформатики создали программный пакет, который позволяет выяснить как на генетическом уровне живые организмы реагируют на внешние и внутренние изменения
Новосибирские биоинформатики создали программный пакет,
который позволяет выяснить как на генетическом уровне живые
организмы реагируют на внешние и внутренние изменения, в том
числе на холод и стресс. Результаты исследования опубликованы в
журнале Genes – сообщает
пресс-служба Новосибирского государственного университета
(НГУ).
Новосибирские исследователи создали пакет программ metaRE с
использованием языка программирования R. Разработка проводит
глубокий системный анализ биологических данных и находит те
последовательности некодирующей ДНК, которые отвечают за «старт»
считывания генетической информации при внешнем или внутреннем
изменении в организме. После чего происходит синтез белка и уже
весь организм реагирует на изменения. Выяснение деталей этого
процесса поможет изменять его или корректировать в случае
необходимости.
– Это исследование актуально, так как накопилось большое
количество транскриптомных данных, или данных об активности
генов, что позволяет проводить их системный анализ. Разработанный
нами пакет программ реализует новый подход к поиску потенциальных
регуляторных последовательностей по данным об активности генов,
полученным в отдельных экспериментах. Поиск потенциальных
регуляторных последовательностей является актуальной задачей в
исследовании разных организмов и расширяет фундаментальные знания
о функционировании генов, а, следовательно, и об их
фенотипическом проявлении. Например, если “поломать” регуляторную
последовательность, ген начнет работать неправильно и у растения
может быть нарушено развитие органов и нормальное течение
жизненно важных процессов, –
рассказала старший научный сотрудник лаборатории
компьютерной транскриптомики и эволюционной
биоинформатики Факультета естественных наук
НГУ Виктория Миронова.
Учёные уже протестировали работу программного пакета metaRE. Они
нашли последовательности ДНК, которые известны как регуляторы
ответа на холод для модельных организмов: растения резуховидки
Таля (лат. Arabidopsis thaliana) и рыбки Данио (лат. Danio
rerio). Специалисты обнаружили консервативность (совпадение)
регуляторных элементов как у растения, так и у рыбы. Это значит,
что у обоих организмов сохранились одни и те же регуляторные
последовательности в ответ на холод. Это можно связать с тем, что
температурная реакция – процесс довольно древний с точки зрения
эволюции, для сохранения жизни организмы реагируют на него
идентично. Подобного рода сравнительные исследования
последовательности ДНК модельных организмов помогут понять, как
работает структура ДНК и других живых организмов, в том числе у
человека.
Источник: www.nsu.ru
Источник: scientificrussia.ru
